1997年，辖4镇50乡。县人民政府驻南宾镇。

2000年，石柱县辖南宾、西沱、临溪、黄水4个镇；大歇、凤凰、灯盏、华丰、双庆、河坝、大河、三店、永和、下路、金彰、天泉、三树、三星、五斗、三汇、六塘、王家、河嘴、黎家、马武、黄鹤、洗新、新乐、漆辽、木坪、都会、万宝、石流、中兴、王场、黎场、沿溪、坡口、万朝、沙子、栗新、金竹、金岭、湖镇、卷店、蚕溪、中益、官田、悦来、鱼池、龙沙、桥头、三益、东木坪、冷水、枫木、洋洞、石家54个乡。

2002年，石柱县辖12个镇、20个乡，11个居委会、496个村委会。户籍人口51.11万，其中非农业人口6.46万人。

2008年，石柱县辖12个镇、20个乡：南宾镇、西沱镇、下路镇、悦崃镇、临溪镇、黄水镇、马武镇、沙子镇、王场镇、沿溪镇、龙沙镇、渔池镇、大歇乡、三河乡、万朝乡、黎场乡、三星乡、六塘乡、桥头乡、三益乡、王家乡、河嘴乡、石家乡、冷水乡、枫木乡、中益乡、洗新乡、黄鹤乡、龙潭乡、新乐乡、金铃乡、金竹乡。

2009年，石柱县辖32个乡镇。18个镇：南宾镇、西沱镇、黄水镇、下路镇、悦崃镇、临溪镇、马武镇、沙子镇、王场镇、沿溪镇、龙沙镇、鱼池镇、三河镇、大歇镇、桥头镇、万朝镇、冷水镇、黄鹤镇；14个乡：黎场乡、三星乡、六塘乡、三益乡、王家乡、河嘴乡、石家乡、枫木乡、中益乡、洗新乡、龙潭乡、新乐乡、金铃乡、金竹乡。

2015年，石柱县辖3个街道、16个镇、14个乡。3个街道：南宾街道、万安街道、下路街道；16个镇：西沱镇、黄水镇、悦崃镇、临溪镇、马武镇、沙子镇、王场镇、沿溪镇、龙沙镇、鱼池镇、三河镇、大歇镇、桥头镇、万朝镇、冷水镇、黄鹤镇；14个乡：黎场乡、三星乡、六塘乡、三益乡、王家乡、河嘴乡、石家乡、枫木乡、中益乡、洗新乡、龙潭乡、新乐乡、金铃乡、金竹乡。

2016年11月21日，重庆市人民政府正式签发《重庆市人民政府关于撤销石柱县枫木乡设立枫木镇的批复》（渝府〔2016〕95号），同意撤销枫木乡，设立枫木镇。

区划详情

2023年，石柱县辖南宾、万安、下路3个街道，西沱、黄水、悦崃、临溪、马武、沙子、王场、沿溪、龙沙、鱼池、三河、大歇、桥头、万朝、冷水、黄鹤、枫木17个镇，黎场、三星、六塘、三益、王家、河嘴、石家、中益、洗新、龙潭、新乐、金铃、金竹13个乡，44个（社区）居委会、198个村委会，269个居民小组，1141个村民小组。

南宾街道

南宾街道位于县境西南部，地处石柱土家族自治县政治、经济、文化中心。东靠三河镇、沙子镇，东南邻六塘乡，南与万安街道接壤，北依大歇镇，幅员面积104.83平方公里，辖10个社区和3个行政村，户籍人口57944人。

万安街道

万安街道位于石柱县城西南部，是县城所在地，幅员面积64.38平方公里。街道成立于2015年11月，下辖6个社区和4个行政村，户籍人口52162人。

下路街道

下路街道位于石柱县西南部，距县城6公里。幅员面积108.77平方公里。辖4个社区和8个行政村，户籍人口41700人。

西沱镇

西沱镇位于石柱县北部，原名西界沱，距县城76公里。幅员面积61.01平方公里。辖5个社区和6个行政村，户籍人口29175人。境内资源丰富，探明原煤储量为2000万吨，石灰石储量1.5亿吨，锰矿储量350万吨。

黄水镇

黄水镇位于石柱县东北部，地处渝鄂边陲，距县城63公里。幅员面积213.83平方公里。辖4个社区和4个行政村，户籍总人口12525人。境内平均海拔1550.14米，夏季平均气温在19.9℃，有珙桐、红豆杉等珍贵植物1200多种，被誉绿色宝库、森林百科全书。先后荣获全国特色景观旅游名镇、重庆市十大宜居小城镇、“2017中国最美村镇传承奖”等称号。

悦崃镇

悦崃镇位于石柱县中北部，距县城36公里。幅员面积86.19平方公里。辖1个社区和8个行政村，户籍人口16891人。是重庆黄水统筹城乡示范区域旅游环线重要乡镇之一。

临溪镇

临溪镇位于石柱县北部，距县城65公里，距万州50公里。幅员面积149.14平方公里。辖1个社区和9个行政村，户籍人口24028人。

马武镇

马武镇位于石柱县东南部，距县城48公里。幅员面积92.80平方公里。辖2个社区和5个行政村，户籍人口13239人。为石柱县重要的优质烤烟、猕猴桃、中药材、生猪、辣椒生产基地。

沙子镇

沙子镇位于石柱县东南部，距县城28公里。幅员面积178.34平方公里。辖1个社区和9个行政村，户籍总人口15609人。境内有百年古银杏群、千年马桑王、七曜山国家地质公园、风电观光带、香樟溶洞等旅游资源，以黄连为主的中药材、莼菜、烤烟、冷水鱼等绿特农产品。

王场镇

王场镇位于石柱县西北部，距县城53公里。幅员面积57.66平方公里。辖1社区和6个行政村，户籍总人口16691人。主要发展柑橘、柠檬、百香果等特色产业。

沿溪镇

沿溪镇位于石柱县西北角，距县城54公里。幅员面积55.76平方公里。全镇辖1个社区和6个行政村，户籍人口19986人。沿溪码头为石柱县第二个长江码头。

龙沙镇

龙沙镇位于石柱县东北部，距县城20公里。幅员面积76.07平方公里。辖3个社区和5个行政村，户籍总人口15906人。农业以辣椒、烤烟、马铃薯三大产业为支柱。

鱼池镇

鱼池镇位于石柱县北部，距县城46公里。幅员面积99.62平方公里。辖8个行政村，户籍总人口14482人。旅游资源丰富，有千野草场、灵山佛景区、土家老街、莲花洞等景区景点。

三河镇

三河镇位于石柱县东部，距县城6公里。幅员面积102.04平方公里。辖3个社区和10个行政村，户籍总人口26957人。三河镇现代生态农业、休闲观光农业初具雏形。

大歇镇

大歇镇位于石柱县西北部，距县城9公里。幅员面积128.49平方公里。辖1个社区和9个行政村，户籍总人口23627人。烤烟、辣椒、长毛兔、马铃薯、中药材为五大支柱产业。

桥头镇

桥头镇位于石柱县中部，距县城33公里。幅员面积66.72平方公里。辖1个社区和6个行政村，户籍总人口12720人。以粮食生产和经果林为主，形成以辣椒、脆红李、长毛兔为主导的种养业。有藤子沟国家湿地公园、大寨坎土司遗址等旅游景点。

万朝镇

万朝镇位于石柱县西北部，距县城32公里。幅员面积77.74平方公里。辖6个行政村，户籍总人口16707人。属典型的丘陵地带，立体气候明显。

冷水镇

冷水镇位于石柱县东部，距县城42公里。幅员面积72.51平方公里。辖5个行政村，户籍总人口6505人。是黄水国家森林公园、百里民居长廊和土家生态民俗旅游线的重要特色景区入口。成功创建重庆市“农旅游融合示范镇”、“全域旅游示范镇”，正在打造冷水特色康养小镇。

枫木镇

枫木镇位于石柱县东北部，距县城86公里。幅员面积136.40平方公里。辖7个行政村，户籍总人口11151人，95%的人口系土家族。主要有黄连、莼菜、中蜂等支柱产业，辖区内已建成油草河漂流景区、在建有黄水双河峡谷漂流和懒人山谷景区。

三星乡

三星乡位于石柱县南部，距县城19公里。幅员面积为94.50平方公里。辖6个行政村，户籍总人口16766人。

六塘乡

六塘乡位于石柱县南部，距县城18公里。幅员面积170.68平方公里。辖10个行政村，户籍总人口14567人。主要有烤烟、畜牧、中药材、林业四大支柱产业。

黎场乡

黎场乡位于石柱县西北部，距县城88公里。幅员面积35.97平方公里。辖5个行政村，户籍总人口12822人。

三益乡

三益乡位于石柱县中部，距县城32公里。幅员面积28.86平方公里。辖4个行政村，户籍总人口5601人。

王家乡

王家乡位于石柱县北部，距县城65公里。幅员面积47.38平方公里。辖6个行政村，户籍总人口9501人。主要产业有花卉苗木、辣椒、中药材、李子。

河嘴乡

河嘴乡位于石柱县北部，距县城79公里。幅员面积59.66平方公里。辖7个行政村，户籍总人口12169人。境内有银杏堂景区。

石家乡

石家乡位于石柱县东北部，距县城55公里。幅员面积62.47平方公里。辖5个行政村，户籍总人口9693人。为产粮大乡，有“高原粮仓”之美称。

中益乡

中益乡位于石柱县东北部，距县城55公里。幅员面积160.54平方公里。辖7个行政村，户籍总人口8201人。境内有丰富的森林、天然气等资源。

洗新乡

洗新乡位于石柱县东南部，距县城42公里。幅员面积89.39平方公里。辖5个行政村，户籍总人口5009人。

黄鹤镇

黄鹤镇位于石柱县东南部，距县城40公里。幅员面积39.10平方公里。辖3个行政村，户籍总人口5053人。

龙潭乡

龙潭乡位于石柱县东南角，距县城40公里。幅员面积137.08平方公里。辖5个行政村，户籍总人口4624人。

新乐乡

新乐乡位于石柱县东南部，距县城80公里。幅员面积55.55平方公里。辖4个行政村，户籍总人口4539人。

金铃乡

金铃乡位于石柱县东南部，距县城61公里。幅员面积61.00平方公里。辖4个行政村，户籍总人口3595人。

金竹乡

金竹乡位于石柱县东部，距县城52公里。幅员面积39.60平方公里。辖3个行政村，户籍总人口1631人。