石柱之地，古为《禹贡》梁州之域。

西周、春秋时，属巴国“南极黔涪”领地。

战国时期，先后分属楚黔中地、秦黔中郡。

秦至东汉年间，以境内七曜山为界，分属巴郡、黔中郡和临江县（今重庆忠县）、涪陵县（今重庆彭水县）。

三国至十六国成（汉）时期，属涪陵郡涪陵县。

南北朝宋时，县地改属巴郡。齐，属巴郡临江县。梁，属临江郡。北周，初属临江郡，武帝保定初（561年）属临江地分置的南都郡源阳县，建德四年（575年），属南都郡源阳县改名的怀德郡武宁县（今万县武陵镇）。

隋，县地属临州武宁县。

唐武德二年（619年）分浦州（今重庆万州区）之武宁县西界地置南宾县，为石柱建县之始。

五代十国、前蜀、后蜀循唐制。

北宋至明洪武十四年（1381年），循唐制，隶忠州。

南宋建炎三年（1129年），置石砫安抚司，马定虎受封石砫安抚使，建立局势机构，节制九溪十八峒。

元初，在南宾县地设立为石砫军民府，后升为石砫军民宣抚司。元末，明玉珍据蜀，建立夏政权，改为石砫安抚司。

明洪武八年（1375年），置石砫宣抚司，隶重庆卫；十四年（1381年），撤销南宾县，改为南宾里。嘉靖四十二年（1563年），改隶夔州卫。天启元年（1621年），石砫女宣抚使秦良玉勤王有功，升石柱宣慰司，隶夔州府（今重庆奉节县）。

清顺治十六年（1659年），石柱宣慰司隶川东道夔州府。乾隆二十二年（1757年），改土归流，置石砫厅，仍隶夔州府。二十六年（1761年），升为石砫直隶厅，直隶四川省。

民国二年（1913年），改为石砫县，隶川东道。民国二十四年（1935年），改隶四川省第八区行政督察专员公署，驻酉阳。民国三十七年（1948年），改隶四川省第九行政区督察专员公署，驻万县。

中华人民共和国成立后，于1950年正式成立石砫县人民政府，隶川东行署区涪陵专区。1952年，隶四川省涪陵专区。1959年，改为石柱县。1984年，成立石柱土家族自治县，隶四川省涪陵地区。1988年，改隶四川省黔江地区。

1997年6月18日，重庆恢复中央直辖市，随黔江地区改隶重庆。

2000年7月，直隶重庆市。